Il concetto di proteoma fu proposto per la prima volta da Marc Wilkins. Si riferisce a tutte le proteine espresse da un genoma (Genoma), o da una cellula o tessuto. Il concetto di proteoma ha molte differenze con il concetto di genoma. L'organizzazione e persino lo stato dell'ambiente cambiano. Durante la trascrizione, un gene può essere giunzione in più forme di mRNA. Un proteoma non è un prodotto diretto di un genoma. Il numero di proteine nel proteoma può talvolta superare il numero di genomi. La proteomica è in uno stato iniziale di "sviluppo". Gli esperti in questo campo negano che si tratta di una metodologia pura. Proprio come la genomica, non è un sistema di conoscenza chiuso, concettualizzato e stabile, ma un campo.
