La tecnologia bidimensionale di elettroforesi del gel e la tecnologia della spettrometria di massa sono attualmente i metodi più utilizzati per studiare la proteomica. La tecnologia bidimensionale di elettroforesi del gel utilizza il punto isoelettrico proteico e la differenza di peso molecolare per distinguere varie proteine. Sebbene sia difficile distinguere le proteine a bassa abbondanza per elettroforesi a gel bidimensionale, ha requisiti più elevati per il funzionamento, ma la sua elevata produttività, buona risoluzione e riproducibilità, e le sue caratteristiche di essere combinati con la spettrometria di massa lo rendono il metodo di ricerca proteomica più popolare e affidabile. La tecnologia di elettroforesi a gel bidimensionale e le procedure di ricerca sulla proteomica basata sulla spettrometria di massa sono la preparazione del campione→sintetica isoelettrica→elettrica elettroforesi del gel dipolacrilammide→gel colorazione→digestione delle macchie proteiche di interesse→gestione in gel diina→analisi della spettrometria di massa per determinare peptidi Impronta digitale o sequenza parziale di amminoacidi→utilizza database per determinare le proteine. La ricerca sulla proteomica richiede la separazione proteica ad alta risoluzione e tecniche accurate e sensibili di identificazione della spettrometria di massa. La colorazione delle proteine nell'elettroforesi gel non solo influisce sulla risoluzione della separazione proteica, ma influisce anche sulla successiva identificazione della spettrometria di massa. La colorazione proteica può essere suddivisa in quattro categorie: colorazione dei reagenti organici, colorazione argentata, colorazione fluorescente e colorazione isotopica.
Ha proposto un metodo di analisi quantitativa della proteomica quantitativa con elettroforesi bidimensionale (F-2D-DIGE). L'elettroforesi differenziale del gel (DIGE) è un miglioramento tecnico del 2-DE. Combina il metodo di analisi della fluorescenza multipla. Separa più campioni etichettati con fluorescenza diversa sullo stesso gel e introduce il concetto interno di sottostante. Le proteine nei due campioni vengono mescolate con diverse etichette fluorescenti per eseguire 2-DE per rilevare l'espressione della proteina nei due campioni, il che migliora notevolmente l'accuratezza, l'affidabilità e la ripetibilità dei risultati. Nella tecnologia DIGE, ogni punto proteico ha il proprio standard interno e il software può calibrare automaticamente la sua espressione in base allo standard interno di ogni punto proteico per garantire che i cambiamenti di abbondanza proteica rilevati siano veri. La tecnologia DIGE è stata applicata in vari campioni.