Il sistema di autodepurazione si riferisce a un sistema che ha un certo grado di autodepurazione e capacità di assorbimento degli inquinanti ambientali. È un complesso agroecologico in cui gli inquinanti ambientali vengono autodepurati con la premessa di non superare la capacità ambientale attraverso gli effetti fisici, chimici e biologici del suolo agricolo, delle piante e dei microrganismi.