Coloro che si oppongono al cibo geneticamente modificato coinvolgono una vasta gamma di gruppi di interesse, da Greenpeace agli agricoltori' associazioni a chiese cristiane, e così via. La loro opposizione si concentra in tre aree:
In primo luogo, la modificazione genetica è contro natura e quindi dannosa. I sostenitori hanno ribattuto che oggi i raccolti di&non sono più varietà primitive, altrimenti le verdure che le persone mangiano dovrebbero essere le stesse dell'erba che mangiano gli animali.
In secondo luogo, dopo che i geni con la resistenza agli erbicidi o le funzioni di uccisione dei parassiti tossici sono stati introdotti nelle piante, il cibo che forniscono è sicuro per gli esseri umani? In risposta a ciò, i sostenitori hanno sottolineato che fino ad ora nessun istituto di ricerca qualificato ha trovato prove che gli alimenti geneticamente modificati danneggino la salute umana, ma il loro impatto a lungo termine può essere solo dedotto ed è difficile ottenere prove complete per convincere le persone.
Terzo, è possibile che la promozione di piante geneticamente modificate influenzi troppo rapidamente l'agricoltura e l'ambiente ecologico? La promozione di colture geneticamente modificate resistenti agli erbicidi può incoraggiare gli agricoltori a un uso eccessivo di erbicidi, danneggiando o addirittura estinguendo alcune colture non principali. Molti agricoltori nei paesi in via di sviluppo hanno utilizzato tali colture non principali come alimento supplementare o come mangime. La US Fisheries and Wildlife Administration ha scoperto che 74 specie di piante sono minacciate dagli effetti degli erbicidi.