Ci sono due aspetti principali, uno è la proteomica strutturale e l'altro è la proteomica funzionale. Le sue frontiere di ricerca sono approssimativamente suddivise in tre settori:
(1) Stabilire il proteoma o il sottoproteoma e il suo gruppo di collegamento del proteoma per gli organismi o le cellule tissutali relative alla banca dati del genoma o del trascritoma, vale a dire la proteomica costitutiva.
(2) Eseguire proteomica locale o proteomica comparativa di importanti sistemi o processi fisiologici e patologici per importanti processi di vita o principali malattie umane.
(3) Studiare l'interazione tra le proteine attraverso una varietà di tecnologie avanzate e mappare le proteine di un determinato sistema, vale a dire la proteomica interattiva, nota anche come proteomica "atlante cellulare".
Inoltre, con l'approfondimento della ricerca proteomica, sono emerse alcune nuove direzioni di ricerca, come la proteomica subcellulare e la proteomica quantitativa. La proteomica è un importante metodo di ricerca della biologia dei sistemi.