Coloro che si oppongono agli alimenti geneticamente modificati coinvolgono un'ampia gamma di gruppi di interesse, da Greenpeace alle associazioni di agricoltori alle chiese cristiane, e così via. La loro opposizione si concentra in tre aree:
In primo luogo, la modificazione genetica è contro la natura e quindi dannosa. I sostenitori ritorceno contro il fatto che le colture di oggi non sono più varietà primitive, altrimenti le verdure che le persone mangiano dovrebbero essere le stesse dell'erba che mangiano gli animali.
In secondo luogo, dopo che i geni con resistenza agli erbicidi o funzioni tossiche di uccisione dei parassiti sono stati introdotti nelle piante, il cibo che forniscono è sicuro per l'uomo? In risposta a questo punto, i sostenitori hanno sottolineato che finora nessun istituti di ricerca qualificati ha trovato prove che gli alimenti geneticamente modificati danneggino la salute umana, ma il loro impatto a lungo termine può essere dedotto solo ed è difficile ottenere prove complete per convincere le persone.
In terzo luogo, è possibile che la promozione delle piante geneticamente modificate incida troppo frettolosamente sull'agricoltura e sull'ambiente ecologico? La promozione di colture geneticamente modificate resistenti agli erbicidi può incoraggiare gli agricoltori a usare erbicidi eccessivo, causando danni ad alcune colture non principali o addirittura estinti. Molti agricoltori dei paesi in via di sviluppo hanno utilizzato colture non principali come alimenti supplementari o come mangimi. La U.S. Fisheries and Wildlife Administration ha scoperto che 74 specie vegetali sono colpite da erbicidi e sono in pericolo.