A partire dal 2013, non esiste una classificazione chiara degli alimenti geneticamente modificati e possono essere effettuate classificazioni diverse in base a standard diversi a seconda della pratica.
A seconda che l'alimento geneticamente modificato contenga una fonte geneticamente modificata come standard, può essere suddiviso nei seguenti tre diversi tipi:
(1) Gli alimenti geneticamente modificati che non contengono alimenti geneticamente modificati si riferiscono ad alimenti derivati da organismi geneticamente modificati, ma i prodotti stessi non contengono geni trasferiti.
(2) Gli alimenti geneticamente modificati contengono ingredienti geneticamente modificati, ma le loro caratteristiche sono state modificate durante la lavorazione ei geni attivi trasferiti non esistono più negli alimenti geneticamente modificati.
(3) Gli alimenti geneticamente modificati contengono componenti genetiche attive. Dopo che le persone mangiano tali organismi o alimenti geneticamente modificati, i geni trasferiti ei geni intrinseci degli organismi influenzeranno il corpo umano.